PHPSuexec apache'ye modül olarak eklenir bildiğiniz üzere whm üzerinden apache recompile edilerek eklenir buda tüm siteleriniz için aktif hale gelmesine yol açar bu durumda sizi çok zora koşar bir site için aktif etmek değilde tüm httpd.conf dosyasını düzenleyip tek tek tüm sitelere manual olarak iptal edip bir site için açık bırakmanız gerekir ve her site açtığınızda tekrarlamanız gerekecek.
Malasef böyle bir özellik şu anda whm üzerinde bulunmuyor. Farklı bir yolunu bu güne kadar görmedim ancak araştırmanızda fayda var.
PHPSuexec yerine
http://www.suphp.org/Home.html kullanabilirsiniz.