genelde bu tarz firmalar cpu kullanımına kısıtlama getiriyor dediğiniz gibi mysql_slow_queries insanı delirten bir durum bazı scriptlerde ama ne yazık ki yapılacak bir şey yok yani. Sanırım sizin bir üst kura atlama zamanınız gelmiş
öte yandan yaptığınız fonksiyon düzenlemeleri ile kasılmayı azaltabilirsiniz fakat ne zaman ne olacağı belli olmaz bunu yaparken başka yerden başka bir hata alıp CPU da hiç de bilemiyeceğiniz bir artışa da neden olabilirsiniz.